Уже в первые десятилетия существования Ордена в нем наметились два течения, связанные с различной интерпретацией духовного наследия св. Франциска, особенно его Устава. Течение, называемое конвентуальным, пользовалось папскими привилегиями, смягчающими требования Устава относительно бедности. Представители обсервантского направления стремились соблюдать Устав дословно, и из папских интерпретаций принимали только две: данные Николаем III в 1279 г. и Климентом V в 1312 г.
Движение обсервантов родилось в середине XIV в. одновременно и в Италии, Испании, Португалии и Франции как реакция на «гипертрофированный конвентуализм» и несоблюдение Устава. Первоначальной своей целью оно считало привести Орден к реформе примером более строгой жизни. Движение быстро развивалось: открывались обсервантские монастыри, объединявшиеся затем в провинции. В 1388 г. у обсервантов появился собственный настоятель, получивший статус викария Ордена. С тех пор обсерванты созывали собственные капитулы, а в генеральных капитулах Ордена участвовали только в исключительных случаях (напр., в Падуе в 1443 г.).
Благосклонно настроенный к обсервантам Папа Евгений IV передал им ряд конвентуальных монастырей, в том числе Кустодию Святой Земли (в 1434 г.) и монастырь на горе Верне (в 1441 г.). В 1446 г. специальной буллой «Ut sancta Ordinis Minorum religio» он предоставил обсервантам полную автономию, сохранив за генеральными настоятелями Ордена лишь почетное первенство. При этом был разрешен свободный переход конвентуалов к обсервантам, и одновременно под угрозой анафемы запрещен переход обсервантов к конвентуалам. В1447 г., также под угрозой анафемы, Папа предписал обсервантским монастырям в Испании, Франции и Германии, оставшимся под юрисдикцией конвентуалов, перейти под власть обсервантского викария.
Булла вызвала открытый протест конвентуалов, которые после смерти Папы Евгения IV настояли на снятии запрета на переход к ним обсервантов, однако не сумели добиться у Папы Николая V полной отмены документа. Отменил его, желая положить конец конфликту, Папа Каллист III в 1456 г., одновременно объявив об объединении Ордена на принципе компромисса. Однако такой выход не устроил ни одну из сторон, и в 1458 г. Папа Пий II возобновил действие буллы Евгения IV.
Обсерванты активно развивали свою деятельность благодаря благосклонности многих епископов и правителей. Часто городские власти принуждали конвентуалов покидать монастыри, а на их место приглашали обсервантов.
Генерал Ордена Эгидий Дельфини (1500-06) предпринял еще одну попытку объединения Ордена путем проведения реформы конвентуалов. Его усилия поддержал Папа Юлий II, однако отвергли обсерванты, уже не желавшие объединяться.
Между конвентуалами и обсервантами продолжала расти неприязнь, подпитываемая постоянными памфлетами с обеих сторон, что рождало явный соблазн для Церкви и всего общества. В связи с этим император Максимилиан I, а также короли Франции, Испании, Англии, Дании, Швеции, Норвегии и Польши обратились к Папе с просьбой выделить обсервантов в отдельный Орден.
В 1517 г. Папа Лев Х созвал так называемый capitulum generalissimum с участием представителей обоих францисканских направлений и других менее организованных групп и течений. Результатом капитула стала изданная 29 мая 1517 г. булла «Ite vos», подводившая черту: Орден был разделен, ревнители строгого соблюдения Устава и совершенной бедности получили свою организованную структуру, возглавляемую собственным генералом.
Таким образом появились Братья Меньшие Обсерванты и Братья Меньшие Конвентуальные. Общее название францисканцев сохранилось за обеими ветвями единого прежде Ордена.
