В 1212 и 1214-1215 гг. Франциск отправлялся к сарацинам — в Сирию и Марокко, желая обратить их в христианство. Оба раза (в первый — из-за бури, во второй — из-за болезни глаз) он вынужден был вернуться на родину.
В 1217 г. состоялся первый капитул братства, после чего Франциск отправил братьев в Германию, Венгрию, Испанию, Францию и Сирию, а в 1219 г. — пятерых миссионеров в Марокко.
В 1219 г. Франциску удалось с третьей попытки добраться до сарацин — султана Египта Мелек-эль-Камеля. В подтверждение истинности Христовой веры Франциск предложил жрецам султана пройти вместе с ним через огонь, но никто не решился на такое испытание. И хотя султан Египта не принял христианство, Франциск завоевал его уважение и получил от султана охранную грамоту.
